O jogo começa em finais de 2012, após os eventos de Assassin's Creed: Revelations, onde Desmond Miles deve descobrir uma forma de entrar no Grande Templo da primeira civilização a habitar a Terra, assim podendo descobrir uma maneira de impedir a Catástrofe de Toba, uma grande erupção solar que irá varrer a vida do planeta. Para isso ele faz uso da versão 3.0 do Animus, um dispositivo capaz de criar projecções em três dimensões a partir de sequências de memórias de contidas no ADN, para se ligar ao seu ancestral Connor Kenway.
